“Vós sois a nossa carta, escrita em nossos corações, conhecida e lida por todos os homens”.(2 Cor 3:2) O surgimento da IPIB foi caracterizada por uma reforma legítima,.Como pilares, podemos destacar a necessidade de termos uma formação acadêmica para os pastores da Igreja Presbiteriana do Brasil (1888), posteriormente surgiu a questão maçonica e a sua incompatibilidade com a fé cristã (1898), ainda foram publicados no “O Estandarte” outros pontos tais como: independência absoluta ou soberania espiritual da IPB, desligamento dos missionários dos presbitérios nacionais, conversão de missões nacionais em missões presbiteriais ou autonomia dos presbitérios na evangelização dos seus territórios e educação sistemática dos filhos da igreja, pela igreja e para a igreja. Com a reunião do Sínodo em 1903, foram recusadas as principais propostas realizadas pelo Rev Eduardo Carlos Pereira, o mesmo despediu-se com as seguintes palavras: "Então, pede o Rev. Eduardo a palavra para
Jesus disse: "Eu sou o caminho, a verdade e a vida, ninguém vem ao Pai senão por mim" (João 14.6)